HMDB 5.0 : la base de données du métabolome humain pour 2022

Résumé :

Depuis 2007, la base de données du métabolome humain ou HMDB(https://hmdb.ca) fournit des informations de référence complètes sur les métabolites humains et leurs propriétés biologiques, physiologiques et chimiques associées. Au cours des 15 dernières années, la HMDB s'est considérablement développée et a évolué pour répondre aux besoins de la communauté métabolomique et à l'évolution constante des technologies Internet et informatiques. La mise à jour de cette année, HMDB 5.0, apporte un certain nombre d'améliorations et de mises à niveau importantes à la base de données. Elles devraient rendre la BDMH plus utile et plus attrayante pour un plus grand nombre d'utilisateurs. En particulier, ces améliorations comprennent (i) une augmentation significative du nombre d'entrées de métabolites (de 114 100 à 217 920 composés) ; (ii) des améliorations de la qualité et de la profondeur des descriptions des métabolites ; (iii) l'ajout de nouveaux outils de visualisation des structures, des spectres et des voies ; (iv) l'inclusion de nombreux nouveaux ensembles de données spectrales prédites avec beaucoup plus de précision, y compris des spectres RMN prédits, des spectres MS prédits avec plus de précision, des indices de rétention prédits et des données de section de collision prédites et (v) des améliorations des fonctions de recherche de la BDMH pour faciliter une meilleure identification des composés. De nombreuses autres améliorations et mises à jour mineures ont également été apportées au contenu, à l'interface et aux performances générales du site Web de la BDMH. Dans l'ensemble, nous pensons que ces mises à niveau et ces mises à jour devraient grandement améliorer la facilité d'utilisation de la BDMH et ses applications potentielles non seulement en métabolomique humaine, mais aussi en exposomique, en lipidomique, en science nutritionnelle, en biochimie et en chimie clinique.